Είναι η μείωση του μεγέθους των δοντιών. Η νανοδοντία μπορεί επίσης να ταξινομηθεί τόσο ως καθολική, με συμμετοχή όλων των δοντιών του φραγμού, όσο μερική ή εντοπισμένη, επηρεάζοντας ένα δόντι ή ομάδα δοντιών. Η καθολική μικροδοντία είναισπανιότερη από την καθολική μεγαλοδοντία. Επίσης τραυματικά αίτια μπορεί να παραβλέψουν την ανάπτυξη του οδοντικού σπέρματος. Ακόμα ενοχοποιούνται η επίδραση της ακτινοβολίας και της χημειοθεραπείας κατά την περίοδο της διάπλασης των δοντιών.