Πρωτότυπες Εργασίες Δημοσιευμένες σε Διεθνή Περιοδικά

Εργασία 30: Arvanitis N., Kotzamanidis C., Skaracis N.G. and Karagouni A.D. (2004) The effectiveness of commercial animicrobial compounds, against saccharolytic microorganisms isolated from a beet sugar production line. European Food Research & Technology,20, 291-296.
Μελετήθηκαν οι αντιμικροβιακές δράσεις πέντε εμπορικών απολυμαντικών ενάντια σε τρία κύρια σακχαρολυτικά ενδογενή βακτηριακά στελέχη (Bacillus cereus, Lactobacillus plantarum και Leuconostoc mesenteroides) απομονωθέντα από τη γραμμή παραγωγής μιας σακχαροβιομηχανίας. Τα απολυμαντικά αυτά (που ονομάστηκαν D1, D2, D3, D4 και D5) περιείχαν ως δραστική ουσία ενώσεις τεταρτοταγούς αμμωνίου σε ισοπροπανόλη (D1), το μεθυλικό διθειοκαρβαμιδικό νάτριο (D2), το θειοκαρβαμιδικό νάτριο (D3), το διμεθυλικό διθειοκαρβαμιδικό νάτριο (D4) και τη φορμαλδεΰδη (D5).
Οι προκαταρκτικές μελέτες έδειξαν ότι, αν και όλα τα απολυμαντικά ήταν αποτελεσματικά ενάντια στα παραπάνω στελέχη, το υψηλό οικονομικό κόστος σε συνδυασμό με τις μεγάλες ποσότητες των απολυμαντικών D2, D3 και D4, προκειμένου να καταστούν αποτελεσματικά στη δράση τους, ήταν σχεδόν απαγορευτικά για βιομηχανική χρήση. Γι’ αυτόν τον λόγο, εξετάστηκε και καθορίστηκε η ελάχιστη συγκέντρωση αναστολής ανάπτυξης (mic) των άλλων δύο απολυμαντικών (D1 και D5) και κατασκευάστηκαν, για μια περίοδο 7 ημερών, οι καμπύλες επιβίωσης των βακτηριακών πληθυσμών. Μελέτες της μεταβολής του βακτηριακού πληθυσμού συναρτήσει του χρόνου (h) πρότειναν ότι το D1 ήταν περισσότερο αποτελεσματικό από το D5 ενάντια στους μικροβιακούς πληθυσμούς. Ειδικότερα, το D1 ήταν βακτηριολυτικό σε συγκεντρώσεις πάνω από 7 mg/l για το B. cereus και βακτηριοκτόνο σε συγκεντρώσεις πάνω από 80 mg/l για το Lc. mesenteroides και πάνω από 100 mg/l για το L. plantarum. Το απολυμαντικό D5 ήταν βακτηριολυτικό σε συγκεντρώσεις πάνω από 25 mg/l για το B. cereus και βακτηριοκτόνο σε συγκεντρώσεις πάνω από 500 mg/l για το Lc. mesenteroides και το L. plantarum. Λαμβάνοντας υπόψη την αποτελεσματική συγκέντρωση και το κόστος του καθενός απολυμαντικού, καταλήξαμε στο συμπέρασμα ότι η χρήση του D5 (φορμαλδεΰδη) εμφανίζεται καταλληλότερη στη συγκεκριμένη γραμμή εξαγωγής ζάχαρης τεύτλων, λόγω της υψηλής αποτελεσματικής συγκέντρωσης αλλά και του πολύ χαμηλότερου κόστους.
Εργασία 31: Katsifas A.E., Lambraki M., Giannoutsou E.P., Barla M. and Karagouni A.D. (2004) Chromium recycling of tannery waste through microbial fermentation. Journal of Industrial Microbial Biotechnology,31, 57-62.
Στην εργασία αυτή ένα στέλεχος Aspergilluscarbonarius επιλέχθηκε από μια συλλογή μικροοργανισμών του Εργαστηρίου Μικροβιολογίας του Τομέα Βοτανικής του Ε.Κ.Π.Α. για τη βιοαποικοδόμηση αποβλήτου χρωμίου σε πειράματα στερεών ζυμώσεων. Το 97 % του στερεού αποβλήτου διαλυτοποιήθηκε, και από το υγρό που προέκυψε, πραγματοποιήθηκε ανάκτηση του χρωμίου. Το εναπομείναν διάλυμα θειϊκού χρωμίου ξαναχρησιμοποιήθηκε στη διαδικασία δέψης. Από τη διαδικασία προέκυψε και ένα πρωτεϊνικό διάλυμα, το οποίο θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως λίπασμα ή ως πρόσθετο ζωικής τροφής. Το στέλεχος Aspergilluscarbonarius αποτελεί ένα πολύ χρήσιμο εργαλείο στη διαδικασία αξιοποίησης αποβλήτων βυρσοδεψειών και ανάκτησης χρωμίου.
Εργασία 32: Nikolakopoulou T.L, Egan S., van Overbeek  L.S., Guillaume G.,  Heuer H., Wellington E.M.H., van Elsas J.D., Collard J. -M., Smalla K. and Karagouni A.D.  (2004) PCR detection of oxytetracycline resistance genes otr(A) and otr(B) in tetracycline resistant streptomycete isolates from diverse habitats. Current Microbiology, 51, 211-216.
Μια σειρά από ευρωπαϊκά οικοσυστήματα ελέγχθηκαν με την τεχνική PCR για την παρουσία των γονιδίων ανθεκτικότητας στην τετρακυκλίνη. Τα γονίδια αυτά βρίσκονται στο βακτηριακό χρωμόσωμα του S. rimosus που είναι ο φυσικός παραγωγός της οξυτετρακυκλίνης. Σχεδιάστηκαν κατάλληλα μόρια εκκινητές, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν στην ανίχνευση των γονιδίων otr σε στελέχη ανθεκτικών στην τετρακυκλίνη στρεπτομυκήτων, τα οποία απομονώθηκαν από έδαφος, έδαφος ριζόσφαιρας, περιττώματα ζώων, ενεργοποιημένα λύματα και θαλασσινό νερό. Η πλειονότητα των στρεπτομυκήτων απομονώθηκε από έδαφος (bulk soil) και έδαφος ριζόσφαιρας. Λιγότεροι στρεπτομύκητες απομονώθηκαν από τα περιττώματα ζώων και το θαλασσινό νερό, ενώ κανένας δεν απομονώθηκε από τα ενεργοποιημένα  λύματα. Σε τρεις από τις 217 βακτηριακές απομονώσεις ανιχνεύθηκε το γονίδιο otr(A) και σε 13 το γονίδιο otr(Β). Τα γονίδια αυτά ανιχνεύθηκαν σε στρεπτομύκητες που κατατάχθηκαν σε απομακρυσμένες ταξινομικές ομάδες, οι οποίες σχετίζονται με τα στελέχη που παράγουν τετρακυκλίνες. Τα περισσότερα βακτήρια, στα οποία ανιχνεύθηκαν τα γονίδια otr, προέρχονταν από τις ομάδες των S. exfoliatus ή S. rochei. Τα αποτελέσματα αυτής της έρευνας έδειξαν ότι η παρουσία των γονιδίων otr(A) και otr(Β), στα φυσικά οικοσυστήματα που εξετάστηκαν, ήταν περιορισμένη και ότι το γονίδιο otr(Β) φάνηκε πως είναι πιο διαδεδομένο στο περιβάλλον σε σχέση με το γονίδιο otr(A).  
 Εργασία 33: Hatzinikolaou D.G., Katsifas E.A., Mamma D., Karagouni A.D., Christakopoulos P. and Kekos D. (2005) Modeling of the simultaneous hydrolysis-ultrafiltration of whey permeate by a thermostable β-galactosidase from Aspergillusniger. Journal of Biochemical Engineering,24, 161-172.
Το φυσικό στέλεχος BTL του μύκητα Aspergillusnigerπαρήγαγε υψηλά επίπεδα      β-γαλακτοζιδάσης κατά την ανάπτυξή του σε εμπειρικό θρεπτικό υπόστρωμα χαμηλού κόστους, το οποίο περιείχε πίτυρο σίτου ως μοναδική πηγή άνθρακα και ενέργειας. Το ένζυμο β-γαλακτοζιδάση συλλέχθηκε, συμπυκνώθηκε και καθαρίστηκε μερικώς από το θρεπτικό υπόστρωμα της καλλιέργειας. Μελετήθηκε εκτενώς η κινητική του, καθώς και η σταθερότητά του με στόχο τη χρησιμοποίησή του για την υδρόλυση της λακτόζης του τυρογάλακτος. Η  β-γαλακτοζιδάση του Aspergillusniger BTL εμφανίστηκε ιδιαίτερα σταθερή όσον αφορά στη θερμοκρασία και στο pH, με την ενέργεια ενεργοποίησης της σταθεράς θερμικής απενεργοποίησης πρώτης τάξης να είναι ίση με 180 kJ/mol στο pH 3,5. Η υδρόλυση της λακτόζης από το ένζυμο περιγράφηκε μέσω της κινητικής Michaelis-Menten, με ανταγωνιστική παρεμπόδιση μόνο από τη  γαλακτόζη. Αναπτύχθηκε ολοκληρωμένο μαθηματικό πρότυπο για την περιγραφή της διεργασίας ταυτόγχρονης υδρόλυσης-υπερδιήθησης της λακτόζης του τυρογάλακτος, στο οποίο ενσωματώθηκαν τα κινητικά χαρακτηριστικά της συγκεκριμένης β-γαλακτοζιδάσης. Το πρότυπο αποδείχθηκε ιδιαίτερα επιτυχές κατά την πρόβλεψη της δυναμικής συμπεριφοράς μιας εργαστηριακής συσκευής υδρόλυσης-υπερδιήθησης, η οποία σχεδιάστηκε ειδικά για τον σκοπό αυτό. Το πιστοποιημένο πια πρότυπο χρησιμοποιήθηκε για τη βάση δεδομένων μιας πλήρους σειράς πειραμάτων προσομοίωσης σε Η/Υ, με σκοπό τη διερεύνηση της επίδρασης των διαφόρων παραμέτρων της διεργασίας στη συνολική συμπεριφορά του συστήματος.
Εργασία 34: Meintanis C., Chalkou K., Kormas K. and Karagouni A.D. (2005) Biodegradation of Crude Oil by Thermophilic Bacteria Isolated from a Volcano Island. Biodegradation, 17(2), 3-9.
Εκατόν πενήντα ένα διαφορετικά θερμόφιλα βακτήρια, τα οποία απομονώθηκαν από ένα ηφαιστειογενές νησί, ελέγθηκαν ως προς την παρουσία του γονιδίου της υδροξυλάσης των αλκανίων, χρησιμοποιώντας μόρια εκκινητές, τα οποία αναπτύχθηκαν για να ενισχύουν γονίδια που σχετίζονται με τις υδροξυλάσες αλκανίων των PseudomonasputidaκαιPseudomonasoleovorans. Δέκα απομονωθέντα βακτήρια που έφεραν το γονίδιο alkJ χαρακτηρίστηκαν περαιτέρω με αλληλούχιση του 16S rDNA γονιδίου. Εννέα από τους δέκα μικροοργανισμούς βρέθηκαν να σχετίζονται φυλογενετικά με το γένος Geobacillus και ένα με το γένος Bacillus. Οι μικροοργανισμοί αυτοί ήταν ικανοί να αυξάνουν σε υγρές καλλιέργειες με μόνη πηγή άνθρακα αργό πετρέλαιο και βρέθηκε ότι αποικοδομούν μακράς αλυσίδας αλκάνια αργού πετρελαίου σε ένα εύρος μεταξύ 46,64 % και 87,68 %. Τα αποτελέσματα υπέδειξαν ότι οι ενδογενείς θερμόφιλοι αποικοδομητές υδρογονανθράκων των γενών Bacillus και Geobacillus είναι ιδιαίτερης σημασίας, καθότι μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν αποτελεσματικά στη βιοεξυγίανση εδαφών επιβαρυμένων με πετρέλαιο και σε διαδικασίες κομποστοποίησης.

Εργασία 35: Baur S., Niehaus J., Karagouni A.D., Katsifas E.A., Chalkou K., Meintanis C., Jones A.L., Goodfellow M., Ward A.C., Beil W., Schneider K., Süssmuth R.D. and Fiedler H.P. (2006) Fluostatins C~E, novel members of the fluostatin family produced by Streptomyces strain Acta 1383. Journal of Antibiotics, 59(5), 293-297.
Στην εργασία αυτήν περιγράφεται η ανακάληψη τριών νέων μελών της ομάδας των φλουοστατινών.  Οι τρεις νέες ενώσεις απομονώθηκαν κατά τη διάρκεια ανίχνευσης μέσω HPLC-DAD, σε διηθήματα υγρών καλλιεργειών του στελέχους Acta 1383.  Το παραγωγό στέλεχος ανήκει στο γένος Streptomycesκαι σχετίζεται με την ομάδα τουStreptomyces lavendulae,βάσει της ταξινόμησης με 16S rRNA.  Οι φλουοστατίνες παίρνουν το όνομά τους από ένα χαρακτηριστικό φθορίζων χρωμοφόρο της δομής τους.  Από τις τρεις νέες ενώσεις η φλουοστατίνη C παρουσιάζει μια διαφοροποιημένη δράση έναντι συγκεκριμένων καρκινικών ιστοκαλλιεργειών.
Εργασία 36: Batrinou A.M., Koraki D., Sinanoglou V.J., Karagouni A.D., Sflomos K. and Pletsa V. (2008) Effect of ionising radiattion on the quantification of genetically modified foods. Food Biotechnology, 22(4), 338-351.
Η εξάπλωση της χρήσης Γενετικά Τροποποιημένων σπόρων για καλλιέργεια σε παγκόσμια κλίμακα, σε συνδυασμό με την υποχρεωτική επισήμανση τροφίμων και ζωοτροφών που προέρχονται ή περιέχουν Γενετικά Τροποποιημένους Οργανισμούς (ΓΤΟ), οδήγησε στην ανάπτυξη αντίστοιχων μεθόδων ανίχνευσής τους.  Τεχνικές που βασίζονται στη χρήση αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) αποτελούν σήμερα τις πλέον αξιόπιστες και αποτελεσματικές  μεθόδους ανίχνευσης γενετικής τροποποίησης, ακόμα και σε επεξεργασμένα τρόφιμα.
Στόχος της εργασίας αυτής ήταν η εκτίμηση της επίδρασης της ακτινοβολίας με δέσμη ηλεκτρονίων, η οποία χρησιμοποιείται ως μέθοδος παστερίωσης, στην ανίχνευση και τον ποσοτικό προσδιορισμό γενετικής τροποποίησης σε δείγματα τροφίμων.  Για το σκοπό αυτό, δείγματα τροφίμων τα οποία περιείχαν Roundup Ready™ σόγια και καλαμπόκι Bt 176, υπέστησαν ακτινοβολία δέσμης ηλεκτρονίων από μέσης έως υψηλής εντάσης.  Ακολούθησε έλεγχος  με αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης  για ανίχνευση ΓΤΟ και  ποσοτικός προσδιορισμός της Roundup Reday™ σόγιας με Real Time PCR (TaqMan ™). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι ακόμα και ακτινοβολία εντάσεως 10kGy δεν επηρεάζει τη δυνατότητα εντοπισμού διαγονιδιακών αλληλουχιών.
Εργασία 37: Meintanis C., Chalkou K.I., Kormas K.A., Lymperopoulou D.S., Katsifas E.A., Hatzinikolaou D. and Karagouni A.D. (2008) Application of rpoB sequence similarity analysis, REP-PCR and BOX-PCR for the differentiation of species within the genus Geobacillus. Letters in Applied Microbiology, 46,395-401.
Στόχος της εργασίας ήταν να διερευνηθεί η δυνατότητα χρήσης του γονιδίου rpoBπου κωδικοποιεί για τη β υπομονάδα της RNA πολυμεράσης, εναλλακτικά προς το γονίδιο του 16S rRNA για αναλύσεις γονιδιακής ομοιότητας στο γένος των θερμόφιλων βακτηρίων Geobacillus.  Παράλληλα, χρησιμοποιήθηκαν και η ομάδα μοριακών τεχνικών rep-PCR και BOX-PCR.  Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι δύο αυτές τεχνικές μπορούν να χρησιμοποιηθούν για μοριακή τυποποίηση στα πλαίσια του γένους Geobacillus.  Η ανάλυση γονιδιακής ομοιότητας για το γονίδιο rpoB επιτρέπει έναν πιο ακριβή προσδιορισμό των ειδών του γένους Geobacillus σε σχέση με την πιο συχνά χρησιμοποιούμενη ανάλυση με το γονίδιο του 16S rRNA.  Τα αποτελέσματα δηλώνουν ότι η χρήση του γονιδίου rpoB αποτελεί ένα ισχυρό εργαλείο για το διαχωρισμό των ειδών ανάμεσα στα στελέχη του γένους Geobacillusπου παρουσιάζουν μεγάλο οικολογικό και βιομηχανικό ενδιαφέρον.
Εργασία 38:  Paululat T., Katsifas E.A., Karagouni A.D. and Fiedler H.P. (2008) Grecoketides A and B, new naphthoquinones from Streptomycessp. Acta 1362. European Journal of Organic Chemistry, 5283-5288.
Σ’ αυτήν την εργασία δύο νέες ναφθοκινόνες έχουν βρεθεί να παράγονται από τον στρεπτομύκητα Acta 1362. Σε στελέχη ακτινομυκήτων που απομονώθηκαν πρόσφατα από επιλεγμένα ευρωπαϊκά οικοσυστήματα έγινε έλεγχος με HPLC-DAD και απομονώθηκαν τα γκρεκοκετίδια A και Β, των οποίων και προσδιορίστηκε η δομή. Αμφότερες οι ενώσεις έχουν την ίδια άγλυκη γκρεκοκετιδόνη με μία πλευρική αλυσίδα σακχάρου, η οποία διαφέρει στη μία από τις δύο προσδεδεμένες μονάδες σακχάρου. Επιπλέον, βρέθηκε ότι η γκρεκοκετιδόνη φέρει μία αναδίπλωση s- σχήματος στο εξακετίδιο.
Εργασία 39:  Arvanitis N., Katsifas E.A., Chalkou K.I., Meintanis C. and Karagouni A.D. (2008) A refinery sludge deposition site: presence of nahH and alkJ genes and crude oil biodegradation ability of bacteria isolates. Biotechnology Letters, 30, 2105-2110.
Σε αυτήν την εργασία απομονώθηκαν 204 στελέχη βακτηρίων από 4 Ελληνικές δεξαμενές απόθεσης ιλύος διυλιστηρίων και μελετήθηκε η παρουσία των γονιδίων nahH και alkJ που κωδικοποιούν ένζυμα-κλειδιά των μεταβολικών οδών αποικοδόμησης αρωματικών και αλιφατικών υδρογανθράκων μέσω PCR και DNA υβριδοποίησης. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι μέλη των γενών Pseudomonas, Acinetobacter, Bacillus, Rhodococcus και Arthrobacter παίζουν σημαντικό ρόλο στη βιοεξυγίανση του ιλυώδους/αμμώδους εδάφους που μελετήθηκε, το οποίο ήταν μολυσμένο με πετρελαϊκά απόβλητα. Τα γονίδια nahH και alkJ ήταν παρόντα στο 73 % των απομονωθέντων βακτηρίων. Όταν ομάδες των παραπάνω βακτηρίων χρησιμοποιήθηκαν για τη βιοαποικοδόμηση των ολικών αλιφατικών και αρωματικών υδρογανθράκων του ακατέργαστου πετρελαίου σε υγρές καλλιέργειες 10 ημερών, τα ποσοστά αποικοδόμησης ήταν από 35 % έως 48 %.
Εργασία 40:  Lemuh N.D., Diallinas G., Frillingos S., Mermelekas G., Karagouni A.D. and Hatzinikolaou D.G. (2008) Purification and partial characterization of the xanthine-uric acid transporter (UapA) of Aspergillus nidulans. Protein Expression and Purification, 63, 33-39.
Η UapA περμεάση του ουρικού οξέος-ξανθίνης του νηματοειδούς ασκομύκητα Aspergillusnidulans, είναι ένας από τούς εκτενέστερα χαρακτηρισμένους μεταφορείς πουρίνων/Η+ των ευκαρυωτικών οργανισμών. Λεπτομερείς μελέτες έχουν ασχοληθεί με τους μηχανισμούς έκφρασης σε μεταγραφικό και μετά-μεταφραστικό επίπεδο σε απόκριση σε φυσιολογικά και αναπτυξιακά μοριακά σήματα. Ένα εκτενές κινητικό προφίλ της εξειδίκευσης του UapA, χρησιμοποιώντας μια πληθώρα πουρινικών υποστρωμάτων, σε συνδυασμό με αναλύσεις μεταλλαγών που τροποποιούν τη λειτουργία του μεταφορέα, έχουν οδηγήσει σε  μοντέλα ως προς τον τρόπο που ο UapA αναγνωρίζει τον δακτύλιο πουρίνης. Επίσης έχουν αναγνωρισθεί συγκεκριμένα αμινοξέα τα οποία εμπλέκονται στην κατάλληλη αναδίπλωση, τοπογένεση, λειτουργία και εξειδίκευση του UapA.
Η παρούσα εργασία περιγράφει για πρώτη φορά τον καθαρισμό του μεταφορέα UapA μέσω της υπερέκφρασής του, χρησιμοποιώντας τον ισχυρόUapA και ρυθμιζόμενο υποκινητήalcA. Ο καθαρισμός, σχεδόν μέχρι σταδίου ομογένειας, κατορθώθηκε μέσω χρωματογραφίας Ni2+ χρησιμοποιώντας μία λειτουργική εκδοχή της πρωτεΐνης UapA που έχει επισημανθεί μοριακά με ένα επίτοκο ιστιδινών (His-tagged). Στη συνέχεια, η φασματοσκοπία κυκλικού διχρωισμού έδειξε ότι η καθαρισμένη πρωτεΐνη έχει δομηθεί με υψηλό άλφα-ελικοειδές περιεχόμενο, όπως ήταν αναμενόμενο από τις insilico προβλέψεις. Το αποτέλεσμα αυτής της εργασίας ανοίγει το δρόμο για περαιτέρω αναλυτικές και βιοχημικές μελέτες της UapA, σε πρωτεϊνικό επίπεδο.
Εργασία 41: Nikolakopoulou T.L., Giannoutsou E.P., Karabatsou A.A. and Karagouni A.D. (2008) Prevalence of tetracycline resistance genes in Greek seawater habitats. The Journal of Microbiology, 46 (6), 633-640.
Στην παρούσα εργασία μελετήθηκε η παρουσία επιλεγμένων γονιδίων ανθεκτικών στην τετρακυκλίνη από διαφορετικά ελληνικά ενδιαιτήματα μεταξύ των οποίων εγκαταστάσεις επεξεργασίας βοθρολυμάτων, ιχθυοκαλλιέργειες και άλλα παράκτια περιβάλλοντα. Οι μέθοδοι που χρησιμοποιήθηκαν για την αποτίμηση της παρουσίας δώδεκα ομάδων γονιδίων ήταν PCR και υβριδοποίηση με συγκεκριμένα μόρια-ανιχνευτές, σε ολικό DNA των ενδιαιτημάτων, TcR βακτήρια και εξωγενής απομόνωση πλασμιδίων που έφεραν γονίδια TcR. Άμεση ανάλυση του DNA έδειξε ότι τα tet(A) και tet(K) γονίδια ανιχνεύθηκαν σε όλα τα ενδιαιτήματα, ενώ τα tet(C) και tet(E) ήταν παρόντα σε δείγματα ιχθυοκαλλιεργειών και βοθρολυμάτων και τα tet(M) ανιχνεύθηκαν σε δείγματα ιχθυοκαλλιεργειών και παράκτιων περιβαλλόντων. Τα γονίδιαανθεκτικότητας σε τετρακυκλίνηtet(A), tet(C), tet(K) και tet(M) ανιχνεύθηκαν στις 60 από τις 98 απομονώσεις των μικροοργανισμών που μελετήθηκαν. Οι απομονώσεις αυτές αναγνωρίστηκαν με ανάλυση λιπαρών οξέων μεθυλικού εστέρα (FAME) ως  στελέχη των γενών Stenotrophomonas, Acinetobacter, Pseudomonas, Bacillus και Staphylococcus. Η παρουσία  TcR γονιδίων στο 15 %  των απομονωθέντων βακτηρίων συμπίπτει με την παρουσία IncP πλασμιδίων. Παρατηρήθηκε μία συγκεκριμένη σε αυτά τα ενδιαιτήματα διασπορά των IncP άλφα πλασμιδίων σε βοθρολύματα και των IncP βήτα πλασμιδίων σε ιχθυοκαλλιέργειες. Εξωγενείς απομονώσεις έδειξαν την παρουσία πλασμιδίων που φέρουν τα  TcR γονίδια σε όλα τα ενδιαιτήματα που εξετάστηκαν. Φάνηκε ότι πλασμίδια μεταφέρουν tet(A), tet(C), tet(E) και tet(K) γονίδια. Συμπερασματικά τα TcR γονίδια είναι εκτενώς διαδεδομένα στα θαλάσσια ενδιαιτήματα που μελετήθηκαν και συχνά εμφανίζονται σε πλασμίδια-ξενιστές ευρείας κλίμακας, τα οποία φαίνεται να είναι αρκετά διασπαρμένα στις βακτηριακές κοινωνίες.
Εργασία 42: Paululat Τ., Kulik Α., Hausmann Η., Karagouni A.D., Zinecker H., Imhoff J.F., and Fiedler HP. (2010) Grecocyclines: New Angucyclines from Streptomyces sp. Acta 1362[‡], European Journal of Organic Chemistry, 12, 2344-2350.
Στην παρούσα εργασία απομονώθηκαν και μελετήθηκαν δύο νέες ουσίες που ανήκον στην ομάδα των angucyclines.  Οι ουσίες αυτές απομονώθηκαν από στέλεχος του γένους Streptomyces με το κωδικό Acta 1362.  Το στέλεχος παρουσίασε πολύ μεγάλο βιοτεχνολογικό ενδιαφέρον κυρίως λόγω της παραγωγής χαρακτηριστικών μεταβολιτών που ανιχνεύθηκαν με τη βοήθεια του HPLC. Οι ουσίες ονομάσθηκαν  Grecocycline A και B λόγω της ελληνικής προέλευσης του βακτηριακού στελέχους.  Μελετήθηκε και προσδιορίσθηκε η δομή τους.  Ειδικότερα η Grecocycline A εμφάνισε κυτοτοξική ενεργότατα ενώ η Grecocycline B αναστέλλει τη λειτουργία του ενζύμου φωσφατάση 1Β της τυροσίνης.
Εργασία 43: Lymperopoulou D.S., Kormas K.Ar., Moustaka-Gouni M., Karagouni A.D. (2010) Diversity of cyanobacterial phylotypes in a Mediterranean drinking water reservoir (Marathonas, Greece). Environmental monitoring and assessment. DOI 10.1007/s10661-010-1378-7.
Η δομή της κοινότητας των κυανοβακτηρίων σε μια μεγάλη δεξαμενή πόσιμου νερού (Μαραθώνας Ελλάδα) ελέγχθηκε από τον Οκτώβριο του 2007 έως τον Σεπτέμβριο του 2008. Ειδικοί εκινητές για κυανοβακτήρια χρησιμοποιηθήκαν για την αντίδραση PCR ενίσχυση του 16S rDNA γονιδίου από τρεις υδάτινες στήλες και από τη δεξαμενή συλλογής νερού. Από το σύνολο των 199 κλώνων που ταυτοποιήθηκαν οι 52 αντιπροσωπεύουν 52 μοναδικά κυανοβακτήρια συμπεριλαμβανομένων και 11 μη-κυανοβακτηριακών φυλοτύπων. Όλοι οι κυανοβακτηριακοί φυλότυποι ανήκουν στην τάξη Chroococcales. Η ανάλυση που έγινε με το πρόγραμμα CLUSTER έδειξε ότι οι κοινότητες των κυανοβακτηρίων κατά το 2007 στις τρεις υδάτινες στήλες παρουσιάζουν μεγάλη ομοιότητα μεταξύ των τριών σημείων δειγματοληψίας και χαμηλή ποικιλότητα (Η=1,17-1,14) εξαιτίας των κοντινών υπαρχόντων φυλοτύπων. Αντιθέτως, όλες οι θέσεις δειγματοληψίας κατά το 2008 έδειξαν πολύ χαμηλές ομοιότητες μεταξύ των κυανοβακτηρίων και μεγάλη ποικιλότητα (Η=1,56-2,40). Κάποιοι από τους πιο απομακρυσμένους φυλότυπους είναι στενά συνδεδεμένοι (>98%) με είδη του γένους Gleocapsa και ένα πιθανά τοξικό στέλεχος του είδους Microcystis aeruginosa. Οι μη-κυανοβακτηριακοί φυλότυποι είναι συνδεδεμένοι ή ανήκουν στο γένος Verrucomicrobia και σχετίζονταν με στελέχη που προέρχονταν από λιμναία ενδιαιτήματα.
Εργασία 44: Savvides A.L., Andriopoulos C.P., Kormas K.Ar., Hatzinikolaou D.G., Katsifas E.A. and Karagouni A.D. (2010), Selective isolation of indigenous Pseudomonassyringae strains with ice nucleation activity properties from a ski resort, Journal of  Biological Research, Inpress.
Στην παρούσα εργασία επιλέχθηκαν 4 σημεία δειγματοληψίας από ένα χιονοδρομικό κέντρο στο βουνό Βελούχι στην Ελλάδα με σκοπό την απομόνωση βακτηρίων του είδους Pseudomonassyringae τα οποία να διαθέτουν υψηλή ενεργότητα παγοπυρήνωσης.  Συνολικά απομονώθηκαν 147 βακτήρια από διάφορα δείγματα εδάφους και φυλλόσφαιρας.  Από το σύνολο των απομονωθέντων βακτηρίων μόνο επτά παρουσίασαν μορφολογικές, βιοχημικές και φυσιολογικές ομοιότητες με το είδος P. syringae.  Η φυλογενετική σχέση ανάμεσα στα επτά στελέχη προσδιορίστηκε με αλληλούχιση του 16S rRNA γονιδίου.  Δύο από τα επτά στελέχη σχετίζονταν φυλογενετικά με το είδος P. syringae, τρία με το είδος P. viridiflava, ένα με το είδος P. avellanae, και ένα στέλεχος δεν μπορούσε να συσχετιστεί με κανένα γνωστό είδος.  Τα επτά στελέχη εξετάσθηκαν ως προς την ικανότητα παγοπυρήνωσης.  Τρία από τα επτά στελέχη παρουσίασαν ενεργότητα παγοπυρήνωσης από -4,67 έως -4,35 παγοπυρήνες ανά κύτταρο.  Οι τιμές αυτές ήταν παρόμοιες με εκείνες του γνωστού στελέχους παραγωγού πρωτεϊνης παγοπυρήνωσης P. syringae.  Ως εκτούτου τα τρία αυτά στελέχη θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν στην παραγωγή τεχνητού χιονιού για χιονοδρομικά κέντρα.

Εργασία 45: Meintanis C., Chalkou K.I., Kormas K.Ar., Lymperopoulou D.S. Katsifas E.A. and Karagouni A.D. (2010) The use of trpBgene in resolving phylogenetic diversity within the group of Streptomyces. Current Trends in Microbiology, In press.
Στην παρούσα εργασία, διερευνήθηκε η ικανότητα του trpΒ γονιδίου, το οποίο κωδικοποιεί ένα ένζυμο του βασικού μεταβολισμού, που συμμετέχει στη σύνθεση της τρυπτοφάνης με στόχο να χρησιμοποιηθεί εναλλακτικά του 16S rRNA γονιδίου για την ανάλυση της ομοιότητας της αλληλουχίας στην ομάδα των Aκτινοβακτηρίων. Το γονίδιο trpB (504 ζβ) 13 πρότυπων στελεχών Ακτινοβακτηρίων καθώς και 24 στελεχών Στρεπτομυκήτων, με διαφορετικό BOX-PCR προφίλ, απομονωμένων από το φυσικό περιβάλλον, ενισχύθηκε. Οι αλληλουχίες και το φυλογενετικό δένδρο του trpB γονιδίου συγκρίθηκαν με εκείνα που προέκυψαν από την ανάλυση του γονιδίου 16S rRNA για το σύνολο των εξεταζόμενων βακτηρίων. Τα αποτελέσματα καταδεικνύουν 93-100 % (16S rRNA) και 86-100 % (trpB) ομοιότητα μεταξύ των εξεταζόμενων βακτηρίων του γένους των Στρεπτομυκήτων και προτείνουν ότι η ανάλυση της ομοιότητας της αλληλουχίας του trpB γονιδίου επιτρέπει μια πιο ακριβή διάκριση των ειδών του γένους των Στρεπτομυκήτων απ’ ό,τι η ανάλυση του γονιδίου 16S rRNA που χρησιμοποιείται συνήθως. Επιπρόσθετα, ανάλυση DGGE εφαρμόστηκε σε ενδιαιτήματα που δείχνουν μεγάλο βαθμό ποικιλότητας στους Στρεπτομύκητες. Τα πρότυπα βιοποικιλότητας που προέκυψαν οδήγησαν στην ίδια εκτίμηση της ποικιλότητας είτε χρησιμοποιήθηκαν τα ειδικά εκκινητικά μόρια για το 16S rRNA γονίδιο των Ακτινοβακτηρίων είτε χρησιμοποιήθηκαν τα νέα εκκινητικά μόρια για το trpB γονίδιο. Συμπερασματικά, η εργασία αυτή προτείνει ότι η ανάλυση της ομοιότητας της αλληλουχίας του trpB γονιδίου αποτελεί ένα δυνατό εργαλείο για τη διάκριση των στελεχών μέσα στο γένος των Στρεπτομυκήτων, το οποίο είναι ιδιαίτερα σημαντικό οικολογικά και βιομηχανικά.

by NetPath Holistic Technology Solutions