Ὁ Ἅγιος τήρησε σιωπή, μετὰ τὶς δόλιες κινήσεις φθονερῶν ἀνθρώπων, τὶς διακοινώσεις καὶ τὸ ἀπολυτήριο ἀπὸ τὸν Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Σωφρόνιο γιὰ τὴν ἀπομάκρυνσή του ἀπὸ τὴν Αἴγυπτο –ποὺ τὴν ἐπέτυχε ἐπικαλούμενος λόγους ὑγείας τοῦ Ἁγίου -καὶ μὲ τὴ δήλωση τῶν καταβεβλημένων μισθῶν. Ἔφυγε χωρὶς νὰ πεῖ τίποτε, ἐφόσον ὁ Πατριάρχης τοῦ ἀρνήθηκε ἀκρόαση. Συνέχισε νὰ στέλνει τὰ συγγράμματὰ τοῦ καὶ τὴν ἀγάπη τοῦ στὸν προστάτη τοῦ Σωφρόνιο. Ἡ μόνη στιγμὴ ποὺ ἀπαντᾶ θέτοντας ἐρωτήματα γιὰ τὴν εὐστάθεια τῶν κατηγοριῶν του, εἶναι στὶς 11 Μαρτίου 1895 γιὰ τὴν εἰκόνα ποὺ ἔδωσε τὸ Πατριαρχεῖο στὴν Ἑλληνικὴ κυβέρνηση. Μόνο μετὰ τὸ θάνατο τοῦ Σωφρονίου ἀνακινεῖ τὸ θέμα παίρνοντας θέση ἀπέναντι στὶς διακοινώσεις τοῦ Πατριάρχη σχετικὰ μὲ τὴν καταβολὴ τῶν μισθῶν, ὄχι ζητώντας τὴν ἀποζημίωσή του, ἀλλὰ τὴν ἀποκατάστασή του, γιατὶ ποτὲ «εἰς τὰ ἐκκλησιαστικὰ χρονικὰ ἄγνωστον τοιοῦτον γεγονός, τὸ εἶναι Ἀρχιερέα τινὰ ὅλως ἀπολελυμένον καὶ εἰς μηδεμίαν Ἐκκλησίαν ἀνήκοντα». Γιὰ τὸ λόγο αὐτό, λοιπόν, ἀποστέλλει τὶς κάτωθι ἐπιστολές.
Στὴν ἀπὸ 10 Ὀκτωβρίου 1902 ἐπιστολή του, ποὺ ἀποστέλλει ὁ Ἅγιος στὸν Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Φώτιο, κάνει προσπάθειες γιὰ τὴν ἐκκλησιαστική του ἀποκατάσταση. Στὴν παραπάνω ἐπιστολὴ στέλνει συνημμένα τὰ ἔγγραφα τοῦ «ἀοιδίμου Πατρὸς καὶ Πατριάρχου ἡμῶν Σωφρονίου» που του έστειλε στις 3/5/1890, 11/7/1890 και 11/7/1890 (οἱ δύο διακοινώσεις καὶ τὸ ἀπολυτήριό του), ὅπου ὁ «ἀοίδιμος Πατριάρχης μὲ παύει τῆς θέσεως μου, μὲ ἀπαλλάσσει τῶν καθηκόντων μου, μὲ ἀπολύει ὡς ἐφημέριον καὶ μὲ ἀποπέμπει τῆς Αἰγύπτου ἄνευ δίκης, ἄνευ αἰτιολογίας, ἄνευ ἀπολογίας, ὡς δηλοῦται καὶ ἐξ αὐτῶν τῶν ἐγγράφων. Ἡ ἀπόφασις αὐτή, Μακαριώτατε, ἦτο παρὰ τοὺς Κανόνας καὶ τὰς ἐκκλησιαστικὰς διατάξεις ἦτο δὲ τοσοῦτον ἄδικος, ὅσον καὶ αὐθαίρετος. [...] ἀποπέμπεται εἷς ἀρχιερεὺς τοῦ θρόνου, ἐγγεγραμμένος ἐν τῷ ἐπισήμῳ Κώδικι, ἐν αὐτῷ τῷ θρόνῳ προχειρισθείς, πολλὰ ἐργασθεὶς καὶ δαπανήσας ἐν αὐτῷ τῷ θρόνῳ. Τί τούτου ἀδικώτερον ἢ αὐθαιρετότερον;». Παραθέτει ὁ Ἅγιος τὰ δεδομένα, γιὰ νὰ γίνει ἀντιληπτὴ ἡ κατάφορη ἀδικία ποὺ ὑπέστη μὲ μοναδικό του σκοπὸ τὴν κανονικὴ ἀποκατάστασή του. Ἀναφέρεται στὴ συνέχεια στὸ θέμα τῆς ἐξοφλλησεως τῶν μισθῶν του. Ὅσον ἀφορᾶ στὸ ὅτι πλέον δὲν τοῦ χρωστοῦν τίποτα, ὁ Ἅγιος γράφει ὅτι: «λίαν ἀσαφῶς ὁρίζει τὴν ἐποχήν, καθ’ ἣν ἔδει νὰ λαμβάνω μισθούς. [...] Ὁ χρόνος τῆς μισθοδοσίας μου ἔληγεν ἐν τῇ ἐνάρξει τοῦ χρόνου τῆς εἰς Ἀρχιερέα προχειρίσεώς μου. Διὸ καὶ μοὶ ἠρνήθῃ τὴν πληρωμὴν δεκαέξι μηνιαίων μισθῶν, τοὺς ἀπὸ τῆς χειροτονίας μου εἰς Ἀρχιερέα καὶ ἐντεῦθεν, οὓς μοὶ καθυστέρει ἕνεκα οἰκονομικῶν δυσχερειῶν, ὡς ἔλεγε, μέχρι τῆς ἀπολύσεώς μου, ἐν ᾦ εὐρισκόμεθα ἐν τῇ ὑπηρεσίᾳ, ὡς ἐξάγεται ἐκ τῶν ὑποβαλλομένων ἐγγράφων. [...] Ἀναφέρεται τὸ ῾ἔδει λαμβάνειν᾿, τοῦτο δύναται νὰ δηλωθῇ ἐκ τῶν βιβλίων τοῦ ἀοιδίμου Πατριάρχου, ἐν οἷς φαίνεται ὁ χρόνος λήξεως τῶν πληρωμῶν μισθῶν δι’ ὑπηρεσίας μου εἰς τὸν θρόνον». Ὁ ἅγιος Νεκτάριος ἦταν ἀπλήρωτος δεκαέξι μῆνες κοντὰ ἑνάμιση χρόνο καὶ δὲν εἶπε τίποτα γιὰ δώδεκα χρόνια! Ὑπέμενε τὴν ἀδικία «ἐλπίζοντες εἰς τὴν ἀπόδοσιν δικαιοσύνης ἐν ἡμέρα ᾗ εὐδοκήσει ὁ Θεὸς». Αὐτὸ ποὺ ζητᾶ μετὰ τὴν κατάθεση τῆς ἀλήθειας καὶ τῆς διαλαμπρύνσεως τῶν γεγονότων εἶναι «νὰ μοὶ ἀποδώσῃ δικαιοσύνην, ἀναγνωρίζουσά με Ἀρχιερέα τῆς ἑαυτῆς Πατριαρχικοῦ Θρόνου καὶ μοὶ γνωρίσῃ δι’ ἐγγράφου τῆς τὴν δικαίαν Αὐτῆς ἀπόφασιν [...] καὶ κανονίσῃ τὴν θέσιν μου». Φυσικὰ, ὁ Πατριάρχης παρέμεινε σιωπῶν γιὰ περισσότερο ἀπὸ χρόνο, ὅπως ὁ Ἅγιος ἀναφέρει στὴν ἐπιστολή του πρὸς τὸν Οἰκουμενικὸ Πατριάρχη Ιωακεὶμ Γ´. Ἴσως ὁ φόβος ἦταν ποὺ ἔκανε τὸν Φώτιο νὰ μὴν ἐνεργήσει γιὰ τὴν ἀποκατάστασή του, καθὼς καὶ νὰ προβεῖ στὴ στοιχειώδη ἐνέργεια νὰ ἀπαντήσει, διότι ὁ ἅγιος Νεκτάριος θεωροῦνταν ὑποψήφιος γιὰ τὸν πατριαρχικὸ θρόνο τῆς Ἀλεξανδρείας καὶ πάρα πολὺ ἀγαπητὸς στὸ λαό της. Στὴν ἐκλογὴ γιὰ Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας πλειοψήφησε τότε ὁ Μητροπολίτης Ναζαρὲτ Φώτιος Περόγλου ἀπὸ τὴν Τῆνο ὑποστηριζόμενος ἀπὸ τὴ βασίλισσα Όλγα, ἀδελφὴ τοῦ τσάρου τῆς Ῥωσίας.
Στὶς 10 Σεπτεμβρίου 1903 ἀποστέλλει τὴν περὶ τῆς ἐκκλησιαστικῆς του ἀποκαταστάσεως ἐπιστολή του στὸν Οἰκουμενικὸ Πατριάρχη Ιωακεὶμ Γ´, ἐνημερώνοντάς τον ταυτόχρονα γιὰ τὴν ἐπιστολὴ ποὺ ἔστειλε ἕνα περίπου χρόνο πρὶν στὸν Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Φώτιο, καθὼς καὶ γιὰ τὸ ὅτι ἀπάντηση δὲν ἔλαβε. Στὴν παροῦσα ἀναφέρει ὅτι ἔστειλε «ἐγκλείστως τῇ Ὑμετέρᾳ Θ. Παναγιότητι ἀντίγραφον τῆς πρὸς τὴν Α. Μακαριότητα τὸν Πατριάρχην Ἀλεξανδρείας κύριον Φώτιον ἐπιστολῆς μου», ἀναφέροντας τὰ αἰτήματά του. «Ἐν τούτοις ἀναξίους ἐθεώρησεν ἡμᾶς ἀπαντήσεως». Δὲν ξέρει τὶ νὰ κάνει καὶ «ἀπορῶν ἐπὶ τοῦ πρακτέου καὶ δεόμενος συμβουλῆς, ἔκρινα ἐπιβαλλόμενόν μοι, νὰ προσδράμῳ πρὸς τὴν Ὑμετέραν Θ. καὶ προσκυνητὴν Παναγιότητα καὶ ἐξαιτήσωμαι τὰς σοφὰς Αὐτῆς συμβουλάς περὶ τοῦ τί δέον γενέσθαι». Ἐξηγεῖ στὸν Οἰκουμενικὸ Πατριάρχη, ποὺ σημειωτέον τὸν εἶχε γνωρίσει προσωπικὰ στὴν ἐπίσκεψή του στὸ Ἅγιον Ὄρος τὸ 1898, «ἡ περὶ θεραπείας αἴτησίς μου πρὸς τὸν Μακαριστὸν Πατριάρχην Ἀλεξανδρείας Φώτιον κύριον σκοπὸν ἔχει τὴν διακανόνισιν τῆς θέσεώς μου, ὡς Ἀρχιερέως τῆς Ὀρθοδόξου Ἀνατολικῆς Ἐκκλησίας καὶ ἐπίγνωσιν τῆς Ἐκκλησιαστικῆς Ἀρχῆς, ἐξ ἧς ἐξαρτῶμαι καὶ εἰς ἣν ὑπάγομαι, ὡς Ἀρχιερεύς, διότι, ὡς ἤδη ἔχουσι τὰ κατ’ ἐμέ, εὑρίσκομαι ἀπολελυμένος καὶ εἰς οὐδεμίαν τῶν Αὐτοκεφάλων Ἐκκλησιῶν ἀνήκων, διότι καὶ ἐν Ἑλλάδι μετὰ δέκα τεσσάρων ἐτῶν συνεχῆ ὑπηρεσίαν ἐν τῷ κράτει ὡς ὑπαλλήλου, θεωροῦμαι ὑπὸ τῆς ἐν Ἑλλάδι Διοικούσης Ἱερᾶς Συνόδου, ὡς παρεπιδημῶν Ἀρχιερεύς, καὶ ἐν τοῖς πρὸς ἐμὲ Αὐτῆς ἐγγράφοις χρῆται τῇ λέξει «παρεπιδημοῦντα Ἀρχιερέα». Τὸ εἰς τὰ ἐκκλησιαστικὰ χρονικὰ ἄγνωστον τοιοῦτον γεγονός, τὸ εἶναι Ἀρχιερέα τινα ὅλως ἀπολελυμένον καὶ εἰς μηδεμίαν Ἐκκλησίαν ἀνήκοντα, φρονῶ ὅτι, οὔτε ἡ Ὑμετέρα Θ. Παναγιότης, οὔτε ἕτερός τις εἰδήμων τῶν ἐκκλησιαστικῶν κανόνων καὶ διατάξεων δύναται ἢ νὰ κρίνῃ, ὡς καλῶς ἔχον ἢ νὰ ἐπιδοκιμάσῃ». Πιστεύει ὅτι ὁ Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης θὰ ἐνημερώσει τὸν Ἅγιο τί πρέπει νὰ κάνει ὥστε, ὅπως ἀναφέρει: «διακανονίσω τὰ κατ’ ἐμέ». Ὁ λόγος ποὺ ζητᾶ τὴν ἐπέμβαση καὶ τὴ γνώμη τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριάρχη εἶναι «ἐκ καθήκοντος, ἀνήκων, ὡς κληρικὸς εἰς τὴν δικαιοδοσίαν τοῦ Οἰκουμενικοῦ Θρόνου, ὡς δηλοῦται ἐκ τοῦ ἐπισυνημμένου ἀντιγράφου τοῦ ἐνδεικτικοῦ τῆς εἰς ἱεροδιάκονον χειροτονίας μου». Ὁ Ιωακεὶμ Γ´ στὴν ἀπὸ 25 Ὀκτωβρίου 1903 (δηλαδὴ ἄμεσα) ἐπιστολή του πρὸς τὸν Ἅγιο, τὸν ἐνημερώνει ὅτι «συνοδικῇ διασκέψει διεβίβασαμεν» ἀντίγραφον τῆς ἐπιστολῆς καὶ τῶν ἐγγράφων στὸν Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας, στοῦ ὁποίου «τὴν κυριαρχικὴν κρίσιν καὶ ἀπόφασιν τὸ πράγμα ἀποκλειστικῶς ὑπάγεται». Ἀλλὰ γενικότερα τὰ περιθώρια διαπραγματεύσεων καὶ ἐπιρροῆς ἦσαν μικρά, μιὰ ποὺ εἶχε ἀπέναντὶ τοῦ ἕναν ἰσχυρὸ Φώτιο, προστατευόμενο τῆς Ὄλγας καὶ τοῦ Τσάρου τῆς Ῥωσίας. Κλείνοντας τὴν ἐπιστολή του γράφει: «πλείαν τῆς ἐνεργείας ταύτης ἐπὶ τοῦ προκειμένου ἡ καθ’ ἡμᾶς Ἐκκλησία οὐδὲν ἠδύνατο ἢ δύναται πράξαι».
Τὸ θέμα, γιὰ τὴν ἱστορία, θὰ «κλείσει» πολλὰ χρόνια ἀργότερα, παρ᾿ ὅλες τὶς προσπάθειες ποὺ ἔκαναν οἱ μοναχὲς γιὰ τὴν ἀποκατάσταση ἔστω καὶ μετὰ τὴν κοίμησή του. Συγκεκριμένα ἡ Ἱερὰ Σύνοδος τοῦ Πατριαρχείου Ἀλεξανδρείας στὶς 15 Ἰανουαρίου 1999 ἀποφάσισε νὰ ζητήσει συγγνώμη ἀπὸ τὸν ἅγιο Νεκτάριο μόνο 108 χρόνια μετὰ τὴν ἀπομάκρυνσή του ἀπὸ τὴν Αἴγυπτο καὶ 37 χρόνια ἀπὸ τὴν ἀγιοκατάταξή του.
Ὁποιαδήποτε ὁμοιότητα μὲ πρόσωπα καὶ καταστάσεις τοῦ ἔτους 2020 εἶναι ἁπλῶς συμπτωματική.